به‌گزارش سفرنیوز، مجید روان‌پارسا مدیر پروژه مرمت این مسجد امروز 12 مهر 96 گفت: «مرمت، بازسازی، لکه‌گیری و عایق‌کاری کاشی‌کارهای معرق این گنبد واقع در بالای شبستان تابستانی که در اکثر بخش‌ها دچار طبلگی شدید و شکستگی شده بود با اختصاص 5میلیارد ریال و فعالیت مستمر دو ساله به اتمام رسیده است.»
او درخصوص نصب داربست به مدت 14 سال اظهار کرد: «در مقطعی در سال 1375 تمام کاشیکاریهای این گنبد تعویض می‌شود و متأسفانه به‌دلیل کاستی‌های صورت گرفته بخشی از گنبد در سال‌های پس از آن ریزش می‌کند و در سال‌های 80 تا 84 به‌منظور جلوگیری از ریزش داربست زده می‌شود.»
روان‌پارسا اقدامات صورت گرفته در مرمت این گنبد را شامل آسیب‌شناسی، تثبیت کاشی‌های گنبد، تراش کاشی‌ها برای مرمت، چادرکشی و تورکشی، گستردن پوستی جهت برداشت، برداشت تریینات گنبد، عملیات نقشه‌برداری و رولوه آن برشمرد و گفت: «در عملیات مرمت این گنبد بیش از 70درصد کاشی‌ها تعویض و زیرسازی شدند.»
او با تأکید بر اینکه این بنا از جمله بناهای فاخر دوره قاجار با تلفیقی از معماری این دوره و عثمانی است تصریح کرد: «این بنا اولین مسجد و مدرسه دایر است که به‌دست یکی از نخستین مهندسان ایرانی به‌نام ممتحن الدوله طراحی شده است.»
مدیر پروژه مرمت مسجد سپهسالار با اشاره به اینکه شبستان تابستانی یا گنبدخانه واقع در ضلع جنوبی صحن مسجد نقطه نهایی تکامل فضایی الگوی قدیمی مسجدها و مدرسه‌های معماری ایران بعد از اسلام محسوب می‌شود افزود: «در گنبدخانه مسجد سپهسالار فضا به حداکثر گشادگی و سیلان خود در الگوی گنبدخانه‌ها می‌رسد و گنبد کیفیت معلق و بی‌وزنی را به دست می‌آورد.»
او مجموع فضای گنبدخانه این مدرسه را نقطه تکامل الگوی گنبدخانه‌ها از نظر گشایش فضایی دانست.
روان‌پارسا حفاظت و مرمت، بازسازی، لکه‌گیری، عایق‌کاری کاشیکاریهای معرق گنبد اصلی، آسیب‌شناسی ترک‌های گنبدهای گوشواره‌های صحن اصلی مسجد، ترک‌های موجود در طبقه دوم، جبهه غربی، ازاره‌های سنگی حجاری شده صحن اصلی و ارائه طرح مرمت و اجرای طرح، ایجاد زهکش در بخش جنوبی برای جلوگیری از نفوذ رطوبت، طراحی، ساخت و نصب کاشی‌های مورد نیاز در فضاهایی که کاشی‌های فرسوده یا مفقوده داشتند، تعمیر آبچکان‌های موجود و تکمیل آن در تمام رخبام‌های باران‌گیر، مرمت و استحکام‌بخشی سقف کاربندی، مرمت گچ‌بری‌های شبستان مسجد، مرمت کامل دروازه اصلی، آسیب‌شناسی چوب‌های موجود در ماذنه و منارها و اجرای اقدامات حفاظتی و مرمتی را از جمله اقداماتی خواند که از سال 93 در این مسجد صورت گرفته است.
او انجام مطالعات سازه‌ای در زمینه نشست بنا و ترک‌های عدیده موجود، نجات‌بخشی کاشیکاریهای ایوان اصلی شبستان زمستانی، سبک‌سازی پشت‌بام‌ها، زه‌کشی و ناکشی بخش خارجی مسجد را از جمله اولویت‌های نجات‌بخشی و حفاظتی آتی این مسجد برشمرد.
مسجد و مدرسه شهید مطهری (سپهسالار) در سال 1315 با شماره 260 در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.
